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Table 1 Examples of predicted miRNA/oncogene interactions

From: Prediction and preliminary validation of oncogene regulation by miRNAs

gene name 3'UTR position miRNA name secondary structure free energy
BCL-2 1200 hsa-miR-139 ((((((((.(((((((((&)))))))))..))))))))............. -27.5
BCL-2 2382 hsa-miR-370 ((((...((.(((((((((((&))))))))))).)).))))............. -36.5
BCL-2 2500 hsa-miR-16 ..(((((.....((((((((((&))))))))))..)))))............... -23.3
BCL-2 2500 hsa-miR-195 .(((((....(((((((((((&))))))))))).)))))............... -26.5
c-MYC 114 hsa-let-7c (((((((......(((((((((&)))))))))......))))))).......... -24.5
c-MYC 114 hsa-let-7b (((((((......(((((((((&)))))))))......))))))).......... -24.5
ERB B2 37 hsa-miR-214 ..(((((.((...(((((((.&.))))))))).)))))................ -24.6
ERB B2 361 hsa-miR-132 (((((........(((((((..&..))))))).......)))))........... -23.26
ERB B3 9 hsa-miR-302d .((((((.....(((((((((((&)))))))))))))))))............... -25.00
ERB B3 254 hsa-miR-515-3p ..(((((......((((((((&)))))))).....))))).............. -22.60
ERB B3 648 hsa-miR-17-5p ..((((((((.....(((((((((&))))))))).....)))))))).......... -26.80
ERB B3 648 hsa-miR-20b .((((((((.....(((((((((&))))))))).....)))))))).......... -26.80
ERB B3 648 hsa-miR-20a .((((((((.....(((((((((&))))))))).....)))))))).......... -25.50
ERB B3 648 hsa-miR-106a ..((((((((.....((((((((.&.)))))))).....)))))))).......... -25.10
FRAT 1 127 hsa-miR-125b ((((((((....(((((((((.&..))).))))))))))))))............ -23.8
FRAT 1 127 hsa-miR-100 (((((((.....((.((((((.&.))))))))...)))))))............. -24.7
FRAT 1 271 hsa-let-7b (((((((.(((((((..(((((&)))))....))))))).)))))))........ -30.8
FRAT 1 796 hsa-miR-34a .(((((((((......((((((&)))))).)))))))))................ -23.4
FRAT 1 1295 hsa-miR-15b ((((((((((((((...((((.&))))...))))))))))))))........... -27.6
K-RAS 2004 hsa-miR-371 .((((....((((((((((..&.)))))))))).......)))).......... -24.8
K-RAS 2294 hsa-miR-92 .((((((((......(((((((&)))))))..))))))))............... -23.4
K-RAS 3137 hsa-miR-147 .(((...((((((((((((.&..)))))))))))).....))).......... -23.5
K-RAS 4832 hsa-miR-125a .((((((.....(((((((((..&.))))))))).....))))))........... -26.6
K-RAS 4946 hsa-miR-147 .((((((((..(((((((((&.))))))))).....))))))))......... -24.3
K-RAS 2355 hsa-let-7i ..((((....((..(((((((&)))))))..))...)))).............. -18.8
K-RAS 2783 hsa-let-7f ((((...(((((.(((((((((&)))))))))..)))))...))))......... -18.3
K-RAS 3125 hsa-let-7b ((((((((((.....(((((((&)))))))))))))..))))............. -18.6
K-RAS 4919 hsa-let-7b (..(((.((((..(((((((((&)))))))))..)))))))..)........... -24.8
K-RAS 4919 hsa-let-7c ..(((..((((..(((((((((&)))))))))..)))).....)))......... -21.4
K-RAS 4919 hsa-let-7i .((((((.(((.(((((((((&)))))))))..))).))).))).......... -19.6
  1. Examples of predicted miRNA/oncogene interactions. Several important oncogenes and their potential miRNA regulators were arbitrary selected from the full list of 294 genes (Additional file 1), to be shown as examples. RNAfold "dot-and-bracket" format was used to show secondary structures of miRNA/mRNA duplexes (left side of appropriate structure corresponds to miRNA sequence in 3'-5'orientation; right side corresponds to predicted mRNA binding site in 5'-3' orientation). Brackets represent paired and dots non-paired nucleotides, respectively.