Table 1 Examples of predicted miRNA/oncogene interactions
From: Prediction and preliminary validation of oncogene regulation by miRNAs
gene name | 3'UTR position | miRNA name | secondary structure | free energy |
|---|---|---|---|---|
BCL-2 | 1200 | hsa-miR-139 | ((((((((.(((((((((&)))))))))..))))))))............. | -27.5 |
BCL-2 | 2382 | hsa-miR-370 | ((((...((.(((((((((((&))))))))))).)).))))............. | -36.5 |
BCL-2 | 2500 | hsa-miR-16 | ..(((((.....((((((((((&))))))))))..)))))............... | -23.3 |
BCL-2 | 2500 | hsa-miR-195 | .(((((....(((((((((((&))))))))))).)))))............... | -26.5 |
c-MYC | 114 | hsa-let-7c | (((((((......(((((((((&)))))))))......))))))).......... | -24.5 |
c-MYC | 114 | hsa-let-7b | (((((((......(((((((((&)))))))))......))))))).......... | -24.5 |
ERB B2 | 37 | hsa-miR-214 | ..(((((.((...(((((((.&.))))))))).)))))................ | -24.6 |
ERB B2 | 361 | hsa-miR-132 | (((((........(((((((..&..))))))).......)))))........... | -23.26 |
ERB B3 | 9 | hsa-miR-302d | .((((((.....(((((((((((&)))))))))))))))))............... | -25.00 |
ERB B3 | 254 | hsa-miR-515-3p | ..(((((......((((((((&)))))))).....))))).............. | -22.60 |
ERB B3 | 648 | hsa-miR-17-5p | ..((((((((.....(((((((((&))))))))).....)))))))).......... | -26.80 |
ERB B3 | 648 | hsa-miR-20b | .((((((((.....(((((((((&))))))))).....)))))))).......... | -26.80 |
ERB B3 | 648 | hsa-miR-20a | .((((((((.....(((((((((&))))))))).....)))))))).......... | -25.50 |
ERB B3 | 648 | hsa-miR-106a | ..((((((((.....((((((((.&.)))))))).....)))))))).......... | -25.10 |
FRAT 1 | 127 | hsa-miR-125b | ((((((((....(((((((((.&..))).))))))))))))))............ | -23.8 |
FRAT 1 | 127 | hsa-miR-100 | (((((((.....((.((((((.&.))))))))...)))))))............. | -24.7 |
FRAT 1 | 271 | hsa-let-7b | (((((((.(((((((..(((((&)))))....))))))).)))))))........ | -30.8 |
FRAT 1 | 796 | hsa-miR-34a | .(((((((((......((((((&)))))).)))))))))................ | -23.4 |
FRAT 1 | 1295 | hsa-miR-15b | ((((((((((((((...((((.&))))...))))))))))))))........... | -27.6 |
K-RAS | 2004 | hsa-miR-371 | .((((....((((((((((..&.)))))))))).......)))).......... | -24.8 |
K-RAS | 2294 | hsa-miR-92 | .((((((((......(((((((&)))))))..))))))))............... | -23.4 |
K-RAS | 3137 | hsa-miR-147 | .(((...((((((((((((.&..)))))))))))).....))).......... | -23.5 |
K-RAS | 4832 | hsa-miR-125a | .((((((.....(((((((((..&.))))))))).....))))))........... | -26.6 |
K-RAS | 4946 | hsa-miR-147 | .((((((((..(((((((((&.))))))))).....))))))))......... | -24.3 |
K-RAS | 2355 | hsa-let-7i | ..((((....((..(((((((&)))))))..))...)))).............. | -18.8 |
K-RAS | 2783 | hsa-let-7f | ((((...(((((.(((((((((&)))))))))..)))))...))))......... | -18.3 |
K-RAS | 3125 | hsa-let-7b | ((((((((((.....(((((((&)))))))))))))..))))............. | -18.6 |
K-RAS | 4919 | hsa-let-7b | (..(((.((((..(((((((((&)))))))))..)))))))..)........... | -24.8 |
K-RAS | 4919 | hsa-let-7c | ..(((..((((..(((((((((&)))))))))..)))).....)))......... | -21.4 |
K-RAS | 4919 | hsa-let-7i | .((((((.(((.(((((((((&)))))))))..))).))).))).......... | -19.6 |