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Table 1 Element patterns of 185/333 cDNAs expressed before and after challenge

From: Distinctive expression patterns of 185/333 genes in the purple sea urchin, Strongylocentrotus purpuratus: an unexpectedly diverse family of transcripts in response to LPS, β-1,3-glucan, and dsRNA

Challenge:

LPS

Laminarin

dsRNA

aCF

Total

Animal

1

2

3

2

6

7

2

8

9

4

5

   

Pattern

Size (kb)

-

+

-

+

-

+

-

+

+

-

+

-

+

-

+

-

+

-

+

-

+

-

+

Total

A6

1.50

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

1

0

·

·

·

·

1

0

1

B3

1.04

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

2

0

1

0

3

3

B5

1.07

·

·

·

·

·

·

·

·

2

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

2

2

C1

1.18

·

·

10

0

12

3

·

·

·

·

·

1

0

·

·

·

·

·

·

9

0

32

3

35

C1.1

1.18

·

·

·

·

1

0

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

1

0

1

C1.2

1.18

·

·

·

·

1

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

1

1

2

C1.3

1.18

·

·

·

·

1

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

1

1

2

C1.4

1.18

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

1

0

1

0

1

C2.1

1.15

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

0

1

1

D1

1.16

·

·

·

·

0

1

·

·

·

·

·

1

2

0

2

3

2

1

5

0

5

5

17

22

D1.2

1.16

·

·

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

1

D2

1.16

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

0

2

2

D2.1

1.16

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

1

D3

0.99

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

0

1

1

D4

1.09

·

·

·

·

·

·

·

·

1

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

0

2

2

D5

1.09

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

1

E2

0.96

4

28

0

5

0

8

6

33

33

7

7

9

12

2

8

9

9

1

19

0

5

38

167

205

E2.1

0.96

11

0

·

·

·

·

8

2

1

40

37

21

19

44

28

30

29

5

5

·

·

159

121

280

E2.2

0.96

·

·

·

·

·

·

·

·

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

1

E2.3

0.96

·

·

·

·

·

·

1

0

·

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

1

1

2

E2.4

0.96

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

0

1

1

E2.5

0.96

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

1

E2.6

0.96

·

·

·

·

·

·

·

·

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

1

E3

0.93

·

·

0

2

0

2

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

0

1

·

·

0

6

6

E4

0.95

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

1

E5

0.96

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

1

E6.1

0.87

0

2

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

2

2

F1

1.06

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

1

F1.1

1.06

·

·

0

1

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

1

G1

1.44

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

0

1

1

01

0.86

·

·

0

1

0

1

·

·

3

·

·

·

·

0

1

·

·

0

3

0

1

0

10

10

01.1

0.86

·

·

·

·

2

0

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

0

1

2

2

4

01.2

0.86

·

·

·

·

1

0

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

1

0

1

01.3

0.86

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

0

1

1

03.1

0.56

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

0

1

1

04

0.2

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

0

1

1

05

0.16

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

3

·

·

·

·

·

·

·

·

0

3

3

06

0.08

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

1

·

·

·

·

0

1

·

·

0

2

2

07

0.86

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

·

0

3

·

·

·

·

·

·

·

·

0

3

3

Total clones

15

31

10

12

18

18

15

36

42

42

44

32

44

46

41

43

40

7

43

10

14

243

365

608

Different patterns

2

3

1

7

6

8

3

3

7

7

2

4

10

2

6

4

3

3

14

2

6

12

35

39

  1. -, pre challenge; +, post challenge