TY - JOUR AU - Waterston, R. H. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Birney, E. AU - Rogers, J. AU - Abril, J. F. AU - Agarwal, P. AU - Agarwala, R. AU - Ainscough, R. AU - Alexandersson, M. AU - An, P. AU - Antonarakis, S. E. AU - Attwood, J. AU - Baertsch, R. AU - Bailey, J. AU - Barlow, K. AU - Beck, S. AU - Berry, E. AU - Birren, B. AU - Bloom, T. AU - Bork, P. AU - Botcherby, M. AU - Bray, N. AU - Brent, M. R. AU - Brown, D. G. AU - Brown, S. D. AU - Bult, C. AU - Burton, J. AU - Butler, J. AU - Campbell, R. D. AU - Carninci, P. AU - Cawley, S. AU - Chiaromonte, F. AU - Chinwalla, A. T. AU - Church, D. M. AU - Clamp, M. AU - Clee, C. AU - Collins, F. S. AU - Cook, L. L. AU - Copley, R. R. AU - Coulson, A. AU - Couronne, O. AU - Cuff, J. AU - Curwen, V. AU - Cutts, T. AU - Daly, M. AU - David, R. AU - Davies, J. AU - Delehaunty, K. D. AU - Deri, J. AU - Dermitzakis, E. T. AU - Dewey, C. AU - Dickens, N. J. AU - Diekhans, M. AU - Dodge, S. AU - Dubchak, I. AU - Dunn, D. M. AU - Eddy, S. R. AU - Elnitski, L. AU - Emes, R. D. AU - Eswara, P. AU - Eyras, E. AU - Felsenfeld, A. AU - Fewell, G. A. AU - Flicek, P. AU - Foley, K. AU - Frankel, W. N. AU - Fulton, L. A. AU - Fulton, R. S. AU - Furey, T. S. AU - Gage, D. AU - Gibbs, R. A. AU - Glusman, G. AU - Gnerre, S. AU - Goldman, N. AU - Goodstadt, L. AU - Grafham, D. AU - Graves, T. A. AU - Green, E. D. AU - Gregory, S. AU - Guigo, R. AU - Guyer, M. AU - Hardison, R. C. AU - Haussler, D. AU - Hayashizaki, Y. AU - Hillier, L. W. AU - Hinrichs, A. AU - Hlavina, W. AU - Holzer, T. AU - Hsu, F. AU - Hua, A. AU - Hubbard, T. AU - Hunt, A. AU - Jackson, I. AU - Jaffe, D. B. AU - Johnson, L. S. AU - Jones, M. AU - Jones, T. A. AU - Joy, A. AU - Kamal, M. AU - Karlsson, E. K. AU - Karolchik, D. AU - Kasprzyk, A. AU - Kawai, J. AU - Keibler, E. AU - Kells, C. AU - Kent, W. J. AU - Kirby, A. AU - Kolbe, D. L. AU - Korf, I. AU - Kucherlapati, R. S. AU - Kulbokas, E. J. AU - Kulp, D. AU - Landers, T. AU - Leger, J. P. AU - Leonard, S. AU - Letunic, I. AU - Levine, R. AU - Li, J. AU - Li, M. AU - Lloyd, C. AU - Lucas, S. AU - Ma, B. AU - Maglott, D. R. AU - Mardis, E. R. AU - Matthews, L. AU - Mauceli, E. AU - Mayer, J. H. AU - McCarthy, M. AU - McCombie, W. R. AU - McLaren, S. AU - McLay, K. AU - McPherson, J. D. AU - Meldrim, J. AU - Meredith, B. AU - Mesirov, J. P. AU - Miller, W. AU - Miner, T. L. AU - Mongin, E. AU - Montgomery, K. T. AU - Morgan, M. AU - Mott, R. AU - Mullikin, J. C. AU - Muzny, D. M. AU - Nash, W. E. AU - Nelson, J. O. AU - Nhan, M. N. AU - Nicol, R. AU - Ning, Z. AU - Nusbaum, C. AU - O'Connor, M. J. AU - Okazaki, Y. AU - Oliver, K. AU - Overton-Larty, E. AU - Pachter, L. AU - Parra, G. AU - Pepin, K. H. AU - Peterson, J. AU - Pevzner, P. AU - Plumb, R. AU - Pohl, C. S. AU - Poliakov, A. AU - Ponce, T. C. AU - Ponting, C. P. AU - Potter, S. AU - Quail, M. AU - Reymond, A. AU - Roe, B. A. AU - Roskin, K. M. AU - Rubin, E. M. AU - Rust, A. G. AU - Santos, R. AU - Sapojnikov, V. AU - Schultz, B. AU - Schultz, J. AU - Schwartz, M. S. AU - Schwartz, S. AU - Scott, C. AU - Seaman, S. AU - Searle, S. AU - Sharpe, T. AU - Sheridan, A. AU - Shownkeen, R. AU - Sims, S. AU - Singer, J. B. AU - Slater, G. AU - Smit, A. AU - Smith, D. R. AU - Spencer, B. AU - Stabenau, A. AU - Stange-Thomann, N. AU - Sugnet, C. AU - Suyama, M. AU - Tesler, G. AU - Thompson, J. AU - Torrents, D. AU - Trevaskis, E. AU - Tromp, J. AU - Ucla, C. AU - Ureta-Vidal, A. AU - Vinson, J. P. AU - Von Niederhausern, A. C. AU - Wade, C. M. AU - Wall, M. AU - Weber, R. J. AU - Weiss, R. B. AU - Wendl, M. C. AU - West, A. P. AU - Wetterstrand, K. AU - Wheeler, R. AU - Whelan, S. AU - Wierzbowski, J. AU - Willey, D. AU - Williams, S. AU - Wilson, R. K. AU - Winter, E. AU - Worley, K. C. AU - Wyman, D. AU - Yang, S. AU - Yang, S. P. AU - Zdobnov, E. M. AU - Zody, M. C. AU - Lander, E. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome JO - Nature VL - 420 UR - https://doi.org/10.1038/nature01262 DO - 10.1038/nature01262 ID - Waterston2002 ER - TY - JOUR AU - Black, D. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mechanisms of alternative pre-messenger RNA splicing JO - Annu Rev Biochem VL - 72 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720 DO - 10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720 ID - Black2003 ER - TY - JOUR AU - Brosius, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene duplication and other evolutionary strategies: from the RNA world to the future JO - J Struct Funct Genomics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1023/A:1022627311114 DO - 10.1023/A:1022627311114 ID - Brosius2003 ER - TY - JOUR AU - Brosius, J. AU - Gould, S. J. PY - 1992 DA - 1992// TI - On "genomenclature": a comprehensive (and respectful) taxonomy for pseudogenes and other "junk DNA" JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 89 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.89.22.10706 DO - 10.1073/pnas.89.22.10706 ID - Brosius1992 ER - TY - JOUR AU - Koch, A. L. PY - 1972 DA - 1972// TI - Enzyme evolution. I. The importance of untranslatable intermediates JO - Genetics VL - 72 ID - Koch1972 ER - TY - JOUR AU - Chothia, C. AU - Gough, J. AU - Vogel, C. AU - Teichmann, S. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evolution of the protein repertoire JO - Science VL - 300 UR - https://doi.org/10.1126/science.1085371 DO - 10.1126/science.1085371 ID - Chothia2003 ER - TY - JOUR AU - Talavera, D. AU - Vogel, C. AU - Orozco, M. AU - Teichmann, S. A. AU - de la Cruz, X. PY - 2007 DA - 2007// TI - The (In)dependence of Alternative Splicing and Gene Duplication JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030033 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030033 ID - Talavera2007 ER - TY - CHAP AU - Ohno, S. PY - 1970 DA - 1970// BT - Evolution by Gene and Genome Duplication PB - Berlin CY - Springer-Verlag UR - https://doi.org/10.1007/978-3-642-86659-3 DO - 10.1007/978-3-642-86659-3 ID - Ohno1970 ER - TY - JOUR AU - Lynch, M. AU - Katju, V. PY - 2004 DA - 2004// TI - The altered evolutionary trajectories of gene duplicates JO - Trends Genet VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2004.09.001 DO - 10.1016/j.tig.2004.09.001 ID - Lynch2004 ER - TY - JOUR AU - Force, A. AU - Lynch, M. AU - Pickett, F. B. AU - Amores, A. AU - Yan, Y. L. AU - Postlethwait, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Preservation of duplicate genes by complementary, degenerative mutations JO - Genetics VL - 151 ID - Force1999 ER - TY - JOUR AU - Li, W. H. AU - Yang, J. AU - Gu, X. PY - 2005 DA - 2005// TI - Expression divergence between duplicate genes JO - Trends Genet VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2005.08.006 DO - 10.1016/j.tig.2005.08.006 ID - Li2005 ER - TY - JOUR AU - Prince, V. E. AU - Pickett, F. B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Splitting pairs: the diverging fates of duplicated genes JO - Nat Rev Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrg928 DO - 10.1038/nrg928 ID - Prince2002 ER - TY - JOUR AU - Shakhnovich, B. E. AU - Koonin, E. V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Origins and impact of constraints in evolution of gene families JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5346206 DO - 10.1101/gr.5346206 ID - Shakhnovich2006 ER - TY - JOUR AU - Lander, E. S. AU - Linton, L. M. AU - Birren, B. AU - Nusbaum, C. AU - Zody, M. C. AU - Baldwin, J. AU - Devon, K. AU - Dewar, K. AU - Doyle, M. AU - FitzHugh, W. AU - Funke, R. AU - Gage, D. AU - Harris, K. AU - Heaford, A. AU - Howland, J. AU - Kann, L. AU - Lehoczky, J. AU - LeVine, R. AU - McEwan, P. AU - McKernan, K. AU - Meldrim, J. AU - Mesirov, J. P. AU - Miranda, C. AU - Morris, W. AU - Naylor, J. AU - Raymond, C. AU - Rosetti, M. AU - Santos, R. AU - Sheridan, A. AU - Sougnez, C. AU - Stange-Thomann, N. AU - Stojanovic, N. AU - Subramanian, A. AU - Wyman, D. AU - Rogers, J. AU - Sulston, J. AU - Ainscough, R. AU - Beck, S. AU - Bentley, D. AU - Burton, J. AU - Clee, C. AU - Carter, N. AU - Coulson, A. AU - Deadman, R. AU - Deloukas, P. AU - Dunham, A. AU - Dunham, I. AU - Durbin, R. AU - French, L. AU - Grafham, D. AU - Gregory, S. AU - Hubbard, T. AU - Humphray, S. AU - Hunt, A. AU - Jones, M. AU - Lloyd, C. AU - McMurray, A. AU - Matthews, L. AU - Mercer, S. AU - Milne, S. AU - Mullikin, J. C. AU - Mungall, A. AU - Plumb, R. AU - Ross, M. AU - Shownkeen, R. AU - Sims, S. AU - Waterston, R. H. AU - Wilson, R. K. AU - Hillier, L. W. AU - McPherson, J. D. AU - Marra, M. A. AU - Mardis, E. R. AU - Fulton, L. A. AU - Chinwalla, A. T. AU - Pepin, K. H. AU - Gish, W. R. AU - Chissoe, S. L. AU - Wendl, M. C. AU - Delehaunty, K. D. AU - Miner, T. L. AU - Delehaunty, A. AU - Kramer, J. B. AU - Cook, L. L. AU - Fulton, R. S. AU - Johnson, D. L. AU - Minx, P. J. AU - Clifton, S. W. AU - Hawkins, T. AU - Branscomb, E. AU - Predki, P. AU - Richardson, P. AU - Wenning, S. AU - Slezak, T. AU - Doggett, N. AU - Cheng, J. F. AU - Olsen, A. AU - Lucas, S. AU - Elkin, C. AU - Uberbacher, E. AU - Frazier, M. AU - Gibbs, R. A. AU - Muzny, D. M. AU - Scherer, S. E. AU - Bouck, J. B. AU - Sodergren, E. J. AU - Worley, K. C. AU - Rives, C. M. AU - Gorrell, J. H. AU - Metzker, M. L. AU - Naylor, S. L. AU - Kucherlapati, R. S. AU - Nelson, D. L. AU - Weinstock, G. M. AU - Sakaki, Y. AU - Fujiyama, A. AU - Hattori, M. AU - Yada, T. AU - Toyoda, A. AU - Itoh, T. AU - Kawagoe, C. AU - Watanabe, H. AU - Totoki, Y. AU - Taylor, T. AU - Weissenbach, J. AU - Heilig, R. AU - Saurin, W. AU - Artiguenave, F. AU - Brottier, P. AU - Bruls, T. AU - Pelletier, E. AU - Robert, C. AU - Wincker, P. AU - Smith, D. R. AU - Doucette-Stamm, L. AU - Rubenfield, M. AU - Weinstock, K. AU - Lee, H. M. AU - Dubois, J. AU - Rosenthal, A. AU - Platzer, M. AU - Nyakatura, G. AU - Taudien, S. AU - Rump, A. AU - Yang, H. AU - Yu, J. AU - Wang, J. AU - Huang, G. AU - Gu, J. AU - Hood, L. AU - Rowen, L. AU - Madan, A. AU - Qin, S. AU - Davis, R. W. AU - Federspiel, N. A. AU - Abola, A. P. AU - Proctor, M. J. AU - Myers, R. M. AU - Schmutz, J. AU - Dickson, M. AU - Grimwood, J. AU - Cox, D. R. AU - Olson, M. V. AU - Kaul, R. AU - Shimizu, N. AU - Kawasaki, K. AU - Minoshima, S. AU - Evans, G. A. AU - Athanasiou, M. AU - Schultz, R. AU - Roe, B. A. AU - Chen, F. AU - Pan, H. AU - Ramser, J. AU - Lehrach, H. AU - Reinhardt, R. AU - McCombie, W. R. AU - de la Bastide, M. AU - Dedhia, N. AU - Blocker, H. AU - Hornischer, K. AU - Nordsiek, G. AU - Agarwala, R. AU - Aravind, L. AU - Bailey, J. A. AU - Bateman, A. AU - Batzoglou, S. AU - Birney, E. AU - Bork, P. AU - Brown, D. G. AU - Burge, C. B. AU - Cerutti, L. AU - Chen, H. C. AU - Church, D. AU - Clamp, M. AU - Copley, R. R. AU - Doerks, T. AU - Eddy, S. R. AU - Eichler, E. E. AU - Furey, T. S. AU - Galagan, J. AU - Gilbert, J. G. AU - Harmon, C. AU - Hayashizaki, Y. AU - Haussler, D. AU - Hermjakob, H. AU - Hokamp, K. AU - Jang, W. AU - Johnson, L. S. AU - Jones, T. A. AU - Kasif, S. AU - Kaspryzk, A. AU - Kennedy, S. AU - Kent, W. J. AU - Kitts, P. AU - Koonin, E. V. AU - Korf, I. AU - Kulp, D. AU - Lancet, D. AU - Lowe, T. M. AU - McLysaght, A. AU - Mikkelsen, T. AU - Moran, J. V. AU - Mulder, N. AU - Pollara, V. J. AU - Ponting, C. P. AU - Schuler, G. AU - Schultz, J. AU - Slater, G. AU - Smit, A. F. AU - Stupka, E. AU - Szustakowski, J. AU - Thierry-Mieg, D. AU - Thierry-Mieg, J. AU - Wagner, L. AU - Wallis, J. AU - Wheeler, R. AU - Williams, A. AU - Wolf, Y. I. AU - Wolfe, K. H. AU - Yang, S. P. AU - Yeh, R. F. AU - Collins, F. AU - Guyer, M. S. AU - Peterson, J. AU - Felsenfeld, A. AU - Wetterstrand, K. A. AU - Patrinos, A. AU - Morgan, M. J. AU - Szustakowki, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Initial sequencing and analysis of the human genome JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057062 DO - 10.1038/35057062 ID - Lander2001 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Z. AU - Licklider, L. J. AU - Gygi, S. P. AU - Reed, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Comprehensive proteomic analysis of the human spliceosome JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01031 DO - 10.1038/nature01031 ID - Zhou2002 ER - TY - JOUR AU - Modrek, B. AU - Lee, C. PY - 2002 DA - 2002// TI - A genomic view of alternative splicing JO - Nat Genet VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/ng0102-13 DO - 10.1038/ng0102-13 ID - Modrek2002 ER - TY - JOUR AU - Graveley, B. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Alternative splicing: increasing diversity in the proteomic world JO - Trends Genet VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02176-4 DO - 10.1016/S0168-9525(00)02176-4 ID - Graveley2001 ER - TY - JOUR AU - Kim, E. AU - Magen, A. AU - Ast, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Different levels of alternative splicing among eukaryotes JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl924 DO - 10.1093/nar/gkl924 ID - Kim2007 ER - TY - JOUR AU - Mironov, A. A. AU - Fickett, J. W. AU - Gelfand, M. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Frequent alternative splicing of human genes JO - Genome Res VL - 9 UR - https://doi.org/10.1101/gr.9.12.1288 DO - 10.1101/gr.9.12.1288 ID - Mironov1999 ER - TY - JOUR AU - Deininger, P. L. AU - Moran, J. V. AU - Batzer, M. A. AU - Kazazian, H. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mobile elements and mammalian genome evolution JO - Curr Opin Genet Dev VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2003.10.013 DO - 10.1016/j.gde.2003.10.013 ID - Deininger2003 ER - TY - JOUR AU - Hedges, D. J. AU - Batzer, M. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - From the margins of the genome: mobile elements shape primate evolution JO - Bioessays VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/bies.20268 DO - 10.1002/bies.20268 ID - Hedges2005 ER - TY - JOUR AU - Krull, M. AU - Brosius, J. AU - Schmitz, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Alu-SINE exonization: en route to protein-coding function JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi164 DO - 10.1093/molbev/msi164 ID - Krull2005 ER - TY - JOUR AU - Kriegs, J. O. AU - Churakov, G. AU - Jurka, J. AU - Brosius, J. AU - Schmitz, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolutionary history of 7SL RNA-derived SINEs in Supraprimates JO - Trends Genet VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2007.02.002 DO - 10.1016/j.tig.2007.02.002 ID - Kriegs2007 ER - TY - JOUR AU - Mighell, A. J. AU - Markham, A. F. AU - Robinson, P. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Alu sequences JO - FEBS Lett VL - 417 UR - https://doi.org/10.1016/S0014-5793(97)01259-3 DO - 10.1016/S0014-5793(97)01259-3 ID - Mighell1997 ER - TY - JOUR AU - Rowold, D. J. AU - Herrera, R. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Alu elements and the human genome JO - Genetica VL - 108 UR - https://doi.org/10.1023/A:1004099605261 DO - 10.1023/A:1004099605261 ID - Rowold2000 ER - TY - JOUR AU - Schmid, C. W. PY - 1996 DA - 1996// TI - Alu: structure, origin, evolution, significance and function of one- tenth of human DNA JO - Prog Nucleic Acid Res Mol Biol VL - 53 UR - https://doi.org/10.1016/S0079-6603(08)60148-8 DO - 10.1016/S0079-6603(08)60148-8 ID - Schmid1996 ER - TY - JOUR AU - Onafuwa-Nuga, A. A. AU - Telesnitsky, A. AU - King, S. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - 7SL RNA, but not the 54-kd signal recognition particle protein, is an abundant component of both infectious HIV-1 and minimal virus-like particles JO - Rna VL - 12 UR - https://doi.org/10.1261/rna.2306306 DO - 10.1261/rna.2306306 ID - Onafuwa-Nuga2006 ER - TY - JOUR AU - Sela, N. AU - Mersch, B. AU - Gal-Mark, N. AU - Lev-Maor, G. AU - Hotz-Wagenblatt, A. AU - Ast, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative analysis of transposed element insertion within human and mouse genomes reveals Alu's unique role in shaping the human transcriptome JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-6-r127 DO - 10.1186/gb-2007-8-6-r127 ID - Sela2007 ER - TY - JOUR AU - Sorek, R. AU - Lev-Maor, G. AU - Reznik, M. AU - Dagan, T. AU - Belinky, F. AU - Graur, D. AU - Ast, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Minimal conditions for exonization of intronic sequences: 5' splice site formation in alu exons JO - Mol Cell VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(04)00181-9 DO - 10.1016/S1097-2765(04)00181-9 ID - Sorek2004 ER - TY - JOUR AU - Ast, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - How did alternative splicing evolve? JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1451 DO - 10.1038/nrg1451 ID - Ast2004 ER - TY - JOUR AU - Kopelman, N. M. AU - Lancet, D. AU - Yanai, I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Alternative splicing and gene duplication are inversely correlated evolutionary mechanisms JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1575 DO - 10.1038/ng1575 ID - Kopelman2005 ER - TY - JOUR AU - Conant, G. C. AU - Wagner, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Asymmetric sequence divergence of duplicate genes JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1252603 DO - 10.1101/gr.1252603 ID - Conant2003 ER - TY - JOUR AU - Yu, W. P. AU - Brenner, S. AU - Venkatesh, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Duplication, degeneration and subfunctionalization of the nested synapsin-Timp genes in Fugu JO - Trends Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(03)00048-9 DO - 10.1016/S0168-9525(03)00048-9 ID - Yu2003 ER - TY - JOUR AU - Su, Z. AU - Wang, J. AU - Yu, J. AU - Huang, X. AU - Gu, X. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evolution of alternative splicing after gene duplication JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4197006 DO - 10.1101/gr.4197006 ID - Su2006 ER - TY - JOUR AU - Karni, R. AU - de Stanchina, E. AU - Lowe, S. W. AU - Sinha, R. AU - Mu, D. AU - Krainer, A. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - The gene encoding the splicing factor SF2/ASF is a proto-oncogene JO - Nat Struct Mol Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb1209 DO - 10.1038/nsmb1209 ID - Karni2007 ER - TY - JOUR AU - Kondrashov, F. A. AU - Rogozin, I. B. AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. PY - 2002 DA - 2002// TI - Selection in the evolution of gene duplications JO - Genome Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-2-research0008 DO - 10.1186/gb-2002-3-2-research0008 ID - Kondrashov2002 ER - TY - JOUR AU - Grover, D. AU - Mukerji, M. AU - Bhatnagar, P. AU - Kannan, K. AU - Brahmachari, S. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Alu repeat analysis in the complete human genome: trends and variations with respect to genomic composition JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth005 DO - 10.1093/bioinformatics/bth005 ID - Grover2004 ER - TY - JOUR AU - Kuryshev, V. Y. AU - Vorobyov, E. AU - Zink, D. AU - Schmitz, J. AU - Rozhdestvensky, T. S. AU - Munstermann, E. AU - Ernst, U. AU - Wellenreuther, R. AU - Moosmayer, P. AU - Bechtel, S. AU - Schupp, I. AU - Horst, J. AU - Korn, B. AU - Poustka, A. AU - Wiemann, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - An anthropoid-specific segmental duplication on human chromosome 1q22 JO - Genomics VL - 88 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2006.02.002 DO - 10.1016/j.ygeno.2006.02.002 ID - Kuryshev2006 ER - TY - JOUR AU - Xing, J. AU - Wang, H. AU - Belancio, V. P. AU - Cordaux, R. AU - Deininger, P. L. AU - Batzer, M. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Emergence of primate genes by retrotransposon-mediated sequence transduction JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0603224103 DO - 10.1073/pnas.0603224103 ID - Xing2006 ER - TY - JOUR AU - Wang, C. Y. AU - Liang, Y. J. AU - Lin, Y. S. AU - Shih, H. M. AU - Jou, Y. S. AU - Yu, W. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - YY1AP, a novel co-activator of YY1 JO - J Biol Chem VL - 279 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M310532200 DO - 10.1074/jbc.M310532200 ID - Wang2004 ER - TY - JOUR AU - Grover, D. AU - Majumder, P. P. AU - C, B. R. AU - Brahmachari, S. K. AU - Mukerji, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Nonrandom distribution of alu elements in genes of various functional categories: insight from analysis of human chromosomes 21 and 22 JO - Mol Biol Evol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg153 DO - 10.1093/molbev/msg153 ID - Grover2003 ER - TY - JOUR AU - Spurkland, A. AU - Sollid, L. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mapping genes and pathways in autoimmune disease JO - Trends Immunol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.it.2006.05.008 DO - 10.1016/j.it.2006.05.008 ID - Spurkland2006 ER - TY - JOUR AU - Vazquez, N. AU - Lehrnbecher, T. AU - Chen, R. AU - Christensen, B. L. AU - Gallin, J. I. AU - Malech, H. AU - Holland, S. AU - Zhu, S. AU - Chanock, S. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mutational analysis of patients with p47-phox-deficient chronic granulomatous disease: The significance of recombination events between the p47-phox gene (NCF1) and its highly homologous pseudogenes JO - Exp Hematol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/S0301-472X(00)00646-9 DO - 10.1016/S0301-472X(00)00646-9 ID - Vazquez2001 ER - TY - CHAP AU - Mersch, B. AU - Sela, N. AU - Ast, G. AU - Suhai, S. AU - Hotz-Wagenblatt, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - AluScreen: Identifying tissue or tumor-specific Alu-containing isoforms in DNA BT - submitted ID - Mersch2007 ER - TY - JOUR AU - Schnapp, A. AU - Pfleiderer, C. AU - Rosenbauer, H. AU - Grummt, I. PY - 1990 DA - 1990// TI - A growth-dependent transcription initiation factor (TIF-IA) interacting with RNA polymerase I regulates mouse ribosomal RNA synthesis JO - Embo J VL - 9 ID - Schnapp1990 ER - TY - JOUR AU - Yuan, X. AU - Zhou, Y. AU - Casanova, E. AU - Chai, M. AU - Kiss, E. AU - Grone, H. J. AU - Schutz, G. AU - Grummt, I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genetic inactivation of the transcription factor TIF-IA leads to nucleolar disruption, cell cycle arrest, and p53-mediated apoptosis JO - Mol Cell VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2005.05.023 DO - 10.1016/j.molcel.2005.05.023 ID - Yuan2005 ER - TY - JOUR AU - Buttgereit, D. AU - Pflugfelder, G. AU - Grummt, I. PY - 1985 DA - 1985// TI - Growth-dependent regulation of rRNA synthesis is mediated by a transcription initiation factor (TIF-IA) JO - Nucleic Acids Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1093/nar/13.22.8165 DO - 10.1093/nar/13.22.8165 ID - Buttgereit1985 ER - TY - JOUR AU - Kuhn, R. M. AU - Karolchik, D. AU - Zweig, A. S. AU - Trumbower, H. AU - Thomas, D. J. AU - Thakkapallayil, A. AU - Sugnet, C. W. AU - Stanke, M. AU - Smith, K. E. AU - Siepel, A. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Rhead, B. AU - Raney, B. J. AU - Pohl, A. AU - Pedersen, J. S. AU - Hsu, F. AU - Hinrichs, A. S. AU - Harte, R. A. AU - Diekhans, M. AU - Clawson, H. AU - Bejerano, G. AU - Barber, G. P. AU - Baertsch, R. AU - Haussler, D. AU - Kent, W. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The UCSC genome browser database: update 2007 JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl928 DO - 10.1093/nar/gkl928 ID - Kuhn2007 ER - TY - JOUR AU - Lev-Maor, G. AU - Sorek, R. AU - Shomron, N. AU - Ast, G. PY - 2003 DA - 2003// TI - The birth of an alternatively spliced exon: 3' splice-site selection in Alu exons JO - Science VL - 300 UR - https://doi.org/10.1126/science.1082588 DO - 10.1126/science.1082588 ID - Lev-Maor2003 ER - TY - JOUR AU - Goren, A. AU - Ram, O. AU - Amit, M. AU - Keren, H. AU - Lev-Maor, G. AU - Vig, I. AU - Pupko, T. AU - Ast, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comparative analysis identifies exonic splicing regulatory sequences--The complex definition of enhancers and silencers JO - Mol Cell VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.05.008 DO - 10.1016/j.molcel.2006.05.008 ID - Goren2006 ER - TY - JOUR AU - Magen, A. AU - Ast, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - The importance of being divisible by three in alternative splicing JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki858 DO - 10.1093/nar/gki858 ID - Magen2005 ER - TY - JOUR AU - Sorek, R. AU - Ast, G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Intronic sequences flanking alternatively spliced exons are conserved between human and mouse JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1208803 DO - 10.1101/gr.1208803 ID - Sorek2003 ER - TY - JOUR AU - Gould, S. J. AU - Vrba, E. S. PY - 1982 DA - 1982// TI - Exaptation; a missing term in the science of form JO - Paleobiology VL - 8 ID - Gould1982 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. H. AU - Chasin, L. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comparison of multiple vertebrate genomes reveals the birth and evolution of human exons JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0603042103 DO - 10.1073/pnas.0603042103 ID - Zhang2006 ER - TY - STD TI - UCSC genome browser[http://genome.ucsc.edu] UR - http://genome.ucsc.edu ID - ref55 ER - TY - JOUR AU - Jurka, J. AU - Kapitonov, V. V. AU - Pavlicek, A. AU - Klonowski, P. AU - Kohany, O. AU - Walichiewicz, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Repbase Update, a database of eukaryotic repetitive elements JO - Cytogenet Genome Res VL - 110 UR - https://doi.org/10.1159/000084979 DO - 10.1159/000084979 ID - Jurka2005 ER -