TY - JOUR AU - Gibson, U. E. M. AU - Heid, C. A. AU - Williams, P. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - A novel method for real time quantitative RT-PCR JO - Genome Res VL - 6 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6.10.995 DO - 10.1101/gr.6.10.995 ID - Gibson1996 ER - TY - JOUR AU - Heid, C. A. AU - Stevens, J. AU - Livak, K. J. AU - Williams, P. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - Real time quantitative PCR JO - Genome Res VL - 6 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6.10.986 DO - 10.1101/gr.6.10.986 ID - Heid1996 ER - TY - JOUR AU - Tichopad, A. AU - Dilger, M. AU - Schwarz, G. AU - Pfaffl, M. W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Standardized determination of real-time PCR efficiency from a single reaction set-up JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gng122 DO - 10.1093/nar/gng122 ID - Tichopad2003 ER - TY - JOUR AU - Wong, M. L. AU - Medrano, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Real-time PCR for mRNA quantitation JO - BioTechniques VL - 39 UR - https://doi.org/10.2144/05391RV01 DO - 10.2144/05391RV01 ID - Wong2005 ER - TY - JOUR AU - Brunner, A. M. AU - Yakovlev, I. A. AU - Strauss, S. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Validating internal controls for quantitative plant gene expression studies JO - BMC Plant Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-4-14 DO - 10.1186/1471-2229-4-14 ID - Brunner2004 ER - TY - JOUR AU - Reid, K. E. AU - Olsson, N. AU - Schlosser, J. AU - Peng, F. AU - Lund, S. T. PY - 2006 DA - 2006// TI - An optimized grapevine RNA isolation procedure and statistical determination of reference genes for real-time RT-PCR during berry development JO - BMC Plant Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-6-27 DO - 10.1186/1471-2229-6-27 ID - Reid2006 ER - TY - JOUR AU - Livak, K. J. AU - Schmittgen, T. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2-ΔΔCtmethod JO - Methods VL - 25 UR - https://doi.org/10.1006/meth.2001.1262 DO - 10.1006/meth.2001.1262 ID - Livak2001 ER - TY - JOUR AU - Pfaffl, M. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.9.e45 DO - 10.1093/nar/29.9.e45 ID - Pfaffl2001 ER - TY - JOUR AU - Hellemans, J. AU - Mortier, G. AU - De Paepe, A. AU - Speleman, F. AU - Vandesompele, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - qBase relative quantification framework and software for management and automated analysis of real-time quantitative PCR JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-2-r19 DO - 10.1186/gb-2007-8-2-r19 ID - Hellemans2007 ER - TY - CHAP AU - Rasmussen, R. ED - Meuer, S. ED - Wittwer, C. ED - Nakagawara, K. PY - 2001 DA - 2001// TI - Quantification on the LightCycler BT - Rapid Cycle Real-time PCR, Methods and Applications PB - Springer CY - Heidelberg UR - https://doi.org/10.1007/978-3-642-59524-0_3 DO - 10.1007/978-3-642-59524-0_3 ID - Rasmussen2001 ER - TY - JOUR AU - Liu, W. AU - Saint, D. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - A new quantitative method of real-time reverse transcription polymerase chain reaction assay based on simulation of polymerase chain reaction kinetics JO - Anal Biochem VL - 302 UR - https://doi.org/10.1006/abio.2001.5530 DO - 10.1006/abio.2001.5530 ID - Liu2002 ER - TY - JOUR AU - Ruijter, J. M. AU - Ramakers, C. AU - Hoogaars, W. M. H. AU - Karlen, Y. AU - Bakker, O. AU - van den Hoff, M. J. B. AU - Moorman, A. F. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Amplification efficiency: linking baseline and bias in the analysis of quantitative PCR data JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp045 DO - 10.1093/nar/gkp045 ID - Ruijter2009 ER - TY - JOUR AU - Cocozza, C. AU - Cherubini, P. AU - Regier, N. AU - Saurer, M. AU - Frey, B. AU - Tognetti, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Early effects of water deficit on two parental clones of Populus nigra grown under different environmental conditions JO - Funct Plant Biol VL - 37 UR - https://doi.org/10.1071/FP09156 DO - 10.1071/FP09156 ID - Cocozza2010 ER - TY - JOUR AU - Regier, N. AU - Streb, S. AU - Cocozza, C. AU - Schaub, M. AU - Cherubini, P. AU - Zeeman, S. C. AU - Frey, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Drought tolerance of two black poplar (Populus nigra L.) clones: contribution of carbohydrates and oxidative stress defence JO - Plant Cell Environ VL - 32 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-3040.2009.02030.x DO - 10.1111/j.1365-3040.2009.02030.x ID - Regier2009 ER - TY - JOUR AU - Andersen, C. L. AU - Jensen, J. L. AU - Ørntoft, T. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Normalization of real-time quantitative reverse transcription-PCR data: A model-based variance estimation approach to identify genes suited for normalization, applied to bladder and colon cancer data sets JO - Cancer Res VL - 64 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-04-0496 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-04-0496 ID - Andersen2004 ER - TY - JOUR AU - Hong, S. Y. AU - Seo, P. J. AU - Yang, M. S. AU - Xiang, F. AU - Park, C. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Exploring valid reference genes for gene expression studies in Brachypodium distachyon by real-time PCR JO - BMC Plant Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-8-112 DO - 10.1186/1471-2229-8-112 ID - Hong2008 ER - TY - JOUR AU - Hu, R. AU - Fan, C. AU - Li, H. AU - Zhang, Q. AU - Fu, Y. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evaluation of putative reference genes for gene expression normalization in soybean by quantitative real-time RT-PCR JO - BMC Mol Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2199-10-93 DO - 10.1186/1471-2199-10-93 ID - Hu2009 ER - TY - JOUR AU - Remans, T. AU - Smeets, K. AU - Opdenakker, K. AU - Mathijsen, D. AU - Vangronsveld, J. AU - Cuypers, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Normalisation of real-time RT-PCR gene expression measurements in Arabidopsis thaliana exposed to increased metal concentrations JO - Planta VL - 227 UR - https://doi.org/10.1007/s00425-008-0706-4 DO - 10.1007/s00425-008-0706-4 ID - Remans2008 ER - TY - JOUR AU - Ramakers, C. AU - Ruijter, J. M. AU - Lekanne Deprez, R. H. AU - Moorman, A. F. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data JO - Neurosci Lett VL - 339 UR - https://doi.org/10.1016/S0304-3940(02)01423-4 DO - 10.1016/S0304-3940(02)01423-4 ID - Ramakers2003 ER - TY - JOUR AU - Karlen, Y. AU - McNair, A. AU - Perseguers, S. AU - Mazza, C. AU - Mermod, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Statistical significance of quantitative PCR JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-131 DO - 10.1186/1471-2105-8-131 ID - Karlen2007 ER - TY - JOUR AU - Nordgård, O. AU - Kvaløy, J. T. AU - Farmen, R. K. AU - Heikkilä, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Error propagation in relative real-time reverse transcription polymerase chain reaction quantification models: The balance between accuracy and precision JO - Anal Biochem VL - 356 UR - https://doi.org/10.1016/j.ab.2006.06.020 DO - 10.1016/j.ab.2006.06.020 ID - Nordgård2006 ER - TY - JOUR AU - Rieu, I. AU - Powers, S. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Real-time quantitative RT-PCR: Design, calculations, and statistics JO - Plant Cell VL - 21 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.109.066001 DO - 10.1105/tpc.109.066001 ID - Rieu2009 ER - TY - JOUR AU - Cook, P. AU - Fu, C. AU - Hickey, M. AU - Han, E. S. AU - Miller, K. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - SAS programs for real-time RT-PCR having multiple independent samples JO - BioTechniques VL - 37 ID - Cook2004 ER - TY - JOUR AU - Peirson, S. N. AU - Butler, J. N. AU - Foster, R. G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Experimental validation of novel and conventional approaches to quantitative real-time PCR data JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gng073 DO - 10.1093/nar/gng073 ID - Peirson2003 ER - TY - JOUR AU - Boyle, B. AU - Dallaire, N. AU - MacKay, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evaluation of the impact of single nucleotide polymorphisms and primer mismatches on quantitative PCR JO - BMC Biotechnol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1472-6750-9-75 DO - 10.1186/1472-6750-9-75 ID - Boyle2009 ER - TY - CHAP AU - Rozen, S. AU - Skaletzki, H. ED - Krawetz, S. ED - Misener, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Primer3 on the www for general users and for biologist programmers BT - Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology PB - Humana Press CY - Totowa ID - Rozen2000 ER - TY - JOUR AU - Tuskan, G. A. AU - DiFazio, S. AU - Jansson, S. AU - Bohlmann, J. AU - Grigoriev, I. AU - Hellsten, U. AU - Putnam, N. AU - Ralph, S. AU - Rombauts, S. AU - Salamov, A. AU - Schein, J. AU - Sterck, L. AU - Aerts, A. AU - Bhalerao, R. R. AU - Bhalerao, R. P. AU - Blaudez, D. AU - Boerjan, W. AU - Brun, A. AU - Brunner, A. AU - Busov, V. AU - Campbell, M. AU - Carlson, J. AU - Chalot, M. AU - Chapman, J. AU - Chen, G. L. AU - Cooper, D. AU - Coutinho, P. M. AU - Couturier, J. AU - Covert, S. AU - Cronk, Q. AU - Cunningham, R. AU - Davis, J. AU - Degroeve, S. AU - Déjardin, A. AU - dePamphilis, C. AU - Detter, J. AU - Dirks, B. AU - Dubchak, I. AU - Duplessis AU - Ehlting, S. J. AU - Ellis, B. AU - Gendler, K. AU - Goodstein, D. AU - Gribskov, M. AU - Grimwood, J. AU - Groover, A. AU - Gunter, L. AU - Hamberger, B. AU - Heinze, B. AU - Helariutta, Y. AU - Henrissat, B. AU - Holligan, D. AU - Holt, R. AU - Huang, W. AU - Islam-Faridi, N. AU - Jones, S. AU - Jones-Rhoades, M. AU - Jorgensen, R. AU - Joshi, C. AU - Kangasjarvi, J. AU - Karlsson, J. AU - Kelleher, C. AU - Kirkpatrick, R. AU - Kirst, M. AU - Kohler, A. AU - Kalluri, U. AU - Larimer, F. AU - Leebens-Mack, J. AU - Leplè, J. C. AU - Locascio, P. AU - Lou, Y. AU - Lucas, S. AU - Martin, F. AU - Montanini, B. AU - Napoli, C. AU - Nelson, R. AU - Nelson, C. AU - Nieminen, K. AU - Nilsson, O. AU - Pereda, V. AU - Peter, G. AU - Philippe, R. AU - Pilate, G. AU - Poliakov, A. AU - Razumovskaya, J. AU - Richardson, P. AU - Rinaldi, C. AU - Ritland, K. AU - Rouzè, P. AU - Ryaboy, D. AU - Schmutz, J. AU - Schrader, J. AU - Segerman, B. AU - Shin, H. AU - Siddiqui, A. AU - Sterky, F. AU - Terry, A. AU - Tsai, C. J. AU - Uberbacher, E. AU - Unneberg, P. AU - Vahala, J. AU - Wall, K. AU - Wessler, S. AU - Yang, G. AU - Yin, T. AU - Douglas, C. AU - Marra, M. AU - Sandberg, G. AU - Van de Peer, Y. AU - Rokhsar, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray) JO - Science VL - 313 UR - https://doi.org/10.1126/science.1128691 DO - 10.1126/science.1128691 ID - Tuskan2006 ER -